Sebagai anggota PGI ke-83, maka GKY hadir dalam Sidang Majelis Pekerja Lengkap Persekutuan Gereja-Gereja di Indonesia (MPL-PGI) tahun 2016 yang diselenggarakan di Wisma Methodist, Parapat, Medan, Sumatera Utara pada tanggal 22-26 Januari 2016. Kehadiran GKY diwakili oleh Pdt.IR. Bambang Suharjo N. sebagai utusan dan Pdt. Souw Suharwan sebagai peninjau. Keanggotaan PGI hingga saat ini telah berjumlah 89 Sinode.
Persidangan kali ini mengambil tema “Tuhan mengangkat kita dari Samudra Raya” (Maz 71:20) dan sub tema “Dalam Solidaritas dengan Sesama Anak Bangsa, Kita tetap Mengamalkan Nilai-nilai Pancasila, Menanggulangi Kemiskinan, Radikalisme dan Kerusakan Lingkungan” dengan pikiran pokok “Spiritualitas Keugaharian : Tumbuh Bersama Memelihara Keberagaman”.
Kegiatan persidangan diawali dengan kebaktian pembukaan yang dilaksanakan pada tanggal 22 Januari 2016. Tanggal 23 Januari diisi dengan laporan dari Majelis Pekerja Harian Persekutuan Gereja-gereja di Indonesia (MPHPGI). Tanggal 24 Januari yang jatuh pada hari Minggu, pada pagi hari peserta berkhotbah/ibadah di gereja-gereja sekitar Parapat dan siang hari pk.13.00 – 17.30 peserta menyeberangi Danau Toba, dari Parapat ke Tomok dengan kapal penyeberangan yang telah dipersiapkan sebelumnya.Tanggal 25 Januari diisi dengan pendalaman materi yang dilakukan dalam kelompok. Tanggal 26 Januari diisi dengan acara pengesahan secara pleno dan kebaktian penutupan.