Gereja Kristus Yesus disingkat GKY didirikan atas dasar pengakuan bahwa Yesus Kristus adalah satu-satunya Dasar Gereja dan Kepala Gereja sebagaimana tercantum dalam Alkitab, yaitu Matius 16:18, 1 Korintus 3:11, dan Kolose 1:18. Atas dasar pengakuan tersebut, maka Gereja Kristus Yesus adalah bagian integral dari Gereja yang kudus dan am (universal).
Gereja Kristus Yesus berdiri pada tanggal 3 Juni 2002.
Dengan menjunjung tinggi Alkitab yang adalah Firman Allah, Gereja Kristus Yesus disingkat GKY bertekad menjalankan misi Allah bagi dan melalui gereja-Nya (missio ecclesiae) dalam bentuk persekutuan, pelayanan, dan kesaksian dengan visi "Gereja yang Mulia dan Misioner".
Gereja Kristus Jemaat Mangga Besar
Keberadaan Gereja Kristus Yesus adalah pengembangan dari Gereja Kristus Jemaat Mangga Besar (GKJMB) yang telah berdiri sejak tanggal 3 Juni 1945.Oleh sebab itu, Gereja Kristus Yesus memiliki kesatuan sejarah dengan Gereja Kristus Jemaat Mangga Besar (GKJMB) yang merupakan hasil perintisan dari jemaat Chung Hua Chi Tuh Chiao Hui (CHCTCH) Kuo Yu Thang di Jakarta. Sejarah perkembangan tersebut berawal dari perintisan pelayanan dalam bahasa Tionghoa oleh sebagian anggota jemaat CHCTCH Gang Ketapang pada Agustus 1944, yang disebut "Kuo-yu Pu". Dalam perkembangannya, Kuo-yu Pu didewasakan menjadi jemaat otonom pada tanggal 3 Juni 1945 dan disebut Chung Hua Chi Tuh Chiao Hui (CHCTCH) Kuo Yu Thang yang menempati gedung gereja yang tetap di Jalan Mangga Besar I / 74 (Gang Komandan), Jakarta. Di tempat ini jemaat dikenal sebagai CHCTCH Kuo Yu Thang Mangga Besar.
Jemaat Kuo Yu Thang di depan gereja bentuk aslinya sebelum direnovasi (1964)
Sejalan dengan perubahan nama CHCTCH menjadi Gereja Kristus sebagaimana disahkan dalam Surat Keputusan Departemen Agama Republik Indonesia No. H/II/2918 tertanggal 11 Mei 1963, maka nama CHCTCH Kuo Yu Thang Mangga Besar berubah menjadi Gereja Kristus Jemaat Mangga Besar. Gereja Kristus Jemaat Mangga Besar adalah jemaat otonom dalam wadah Sinode Gereja Kristus yang terdaftar di Persekutuan Gereja-gereja di Indonesia (PGI). Status otonom Gereja Kristus Jemaat Mangga Besar dipertegas dengan Surat Keterangan Direktorat Jenderal Bimbingan Masyarakat (Kristen) Protestan Departemen Agama Republik Indonesia No. E/Ket/200/1029/79 tertanggal 9 April 1979.
Gereja Kristus Yesus
Dengan mempertimbangkan kepentingan pengembangan pelayanan internal dan eksternal maka pada tanggal 3 Juni 2002, GKJMB yang memiliki 11 jemaat dan 13 pos membentuk Sinode Gereja Kristus Yesus.
